Alors que son père vient de partir pour la Deuxième guerre mondiale, Pepper, petit garçon de huit ans, reste inconsolable.
Avec la naïveté de son âge, il est prêt à tout pour faire revenir son père coûte que coûte..
Little Boy revendique clairement faire partie du mouvement des « Faith Based Movies » (Films basés sur la Foi), mouvement qui a pris naissance aux Etats-Unis avec la sortie en 2004 du film de Mel Gibson, La Passion du Christ et qui depuis ne cesse de se développer.
Mais Little Boy évite intelligemment l'écueil religieux en présentant un équilibre adroit dans son propos entre la thématique religieuse et des éléments profanes, en utilisant le ton qu'il faut pour ne jamais avoir l'air de donner une leçon de morale mais bien plus une leçon d'amour.